המדען הראשי במשרד התחבורה הוא תפקיד הניתן לסמכות מקצועית בתחום התחבורה. האדם הנושא תפקיד זה, הוא בעל ידע אקדמאי רב וניסיון עתיר שנים. תפקידו של המדען הראשי לשמש כיועץ המדעי לשר ולמנכ"ל משרד התחבורה. בתפיקדו זה, הוא מנהל את יחידת המדען הראשי במשרד ובין תפקידיה הראשיים להוביל את התכנון האסטרטגי והחדשנות הטכנולוגית בתחום התחבורה בישראל, תוך התבססות על מחקר ומידע, מתוך כוונה לשרת את תהליכי קביעת מדיניות התחבורה וקבלת ההחלטות במשרד. יחידת המדען הראשי במשרד התחבורה, פועלת לשיפור איכות התכנון התחבורתי ולקדום עת הידע והמידע המשרת את קהילת מתכנני ומעצבי מערכות התחבורה בישראל. בין היתר, פועלת יחידת המדען הראשי לגבש הצעות ולהתוות מדיניות כוללת של המשרד, עוד עוסקת היחידה, בבקרה על הליכי הכנת תוכניות אב לתחבורה, הכנת תכנית אב משולבת לתחבורה יבשתית (המדען הראשי עומד בראש צוות שירכז הכנת תוכנית זו -תמ"א 34), פעילות מחקר בתחומי התחבורה, קידום חדשנות טכנולוגית, ניהול מערך הסקרים ומאגרי המידע בנושא תחבורה.